在野生環境中自然生長發育、非人工栽培種植的茯苓，則為野生茯苓。野生茯苓一般生活在較老的松樹林，或人工載種茯苓場附近的松林中，一年四季均可進行尋找采集。

    生長有野生茯苓樹樁周圍的松樹，有明顯的枯萎或衰敗跡象。有的樹樁靠近地面處有白色或淡棕色的菌絲，揭開樹根皮，可見黃白色漿液滲出。有的樹樁爛后有黑褐色的橫線裂紋。長有野生茯苓的樹樁周圍地面，常有白色或淡棕色的菌絲或菌絲膜狀物。小雨后該地面干燥較快，并有不長草的地方和不規則的裂隙（俗稱龜裂級），敲打此處地面會發出空響聲。此時用探試器插入地下再拔出，若發現其上部有芋狀塊物或頂端沾有茯苓的粉末時，即可挖掘采集得到野生茯苓。

    野生茯苓一般比人工培植的茯苓個小，但質地堅實、體重，漿汁較少。采挖的野生茯苓可加工成為藥材（其產地加工方法與栽培茯苓相同），老產區采集的野生茯苓，多為家種茯苓菌絲蔓延生長遇到適宜的條件而結成的菌核。一般可用于擴大生產或做分離菌種使用。新產區采集的野生茯苓，一般不做菌種使用。